《南京大学学报（自然科学）》创刊于1955年1月，是南京大学主办、国家教委主管、国家科委审批的中央级自然科学综合性学术刊物，现为双月刊，国内外公开发行。其报道内容包括数学、天文、计算机科学、物理、信息物理、化学、生物、生物化学、地球科学、大地海洋学、大气科学、环境科学、医学等学科的基础研究和应用研究。固定收录《南京大学学报（自然科学）》的国外权威性数据库和文献杂志在4个以上，例如俄罗斯文摘杂志（PЖ）、美国数学评论（MR）、化学文摘（CA）和德国数学文摘（ZM）等。