PDF格式的论文是可以进行查重的。查重系统通常能够识别和分析PDF文档中的文本内容，以确定其原创性。不过，查重PDF文档时可能会遇到一些问题，例如：

    脚注和引用：PDF查重时可能无法正确区分脚注和正文内容，导致这些部分被错误地计算在内。

    格式问题：PDF文档在转换成文本进行查重时可能出现格式错误，如字体大小、行间距等，这可能影响查重结果的准确性。

    参考文献：查重系统可能无法正确识别PDF中的参考文献格式，导致这部分内容被错误地标记。

    图片和图表：PDF中的图片和图表通常不会被计入查重，因为查重系统主要分析文本内容。

    为了解决这些问题，建议在提交查重之前，将PDF文档转换为Word格式，或者确保查重系统能够正确处理PDF文档。此外，如果学校或期刊有特定的查重要求，应遵循其指导进行操作。